Luftaufnahme aus dem Jahr 1998

Erstmals wird Weihern 1230 genannt unter Konrad von Waier. Die Kirche geht bis 1395 urkundlich zurück und hat gotische Überreste.

Die Weiherner Blutkirchweih ist in die Geschichte eingegangen. Am Margarethentag 1534 ließ der pfalzgräfliche Pfleger Georg von Brandt das im Ort versammelte Volk überfallen, wobei es 5 Tote gab.

Das Sprüchlein "In Weihern und Stoi bettelt die ganze Gmoi" läßt sich geschichtlich erklären. Die 6 Abbrändler im Jahr 1788 erhielten von der kurfürstlichen Regierung in Amberg die Erlaubnis zum Sammeln, um ihre Höfe wieder aufbauen zu können.

Weihern war bis zur Gebietsreform 1972 eine eigene Gemeinde. Im Zuge dieser Gebietsreform wurde sie in die Stadt Pfreimd eingemeindet.